最後,ECFA雖因涉及關稅減免而屬於WTO架構下的FTA(自由貿易協定)無誤,但由於馬政府難以理解的急迫態度(從2009年初正式倡議以來即宣稱非簽不可且愈快愈好),以及兩岸經貿關係的確有其特殊性或「高度政治化」(politicization)等兩大原因,ECFA的設計與自由化進程,顯然與一般FTA差異頗大,其中最大特色之一就是「打帶跑」(hit and run),並沒有明訂自由化時程,這也和一般FTA在一開始就會講明「計畫與降稅時間表」(”plan and schedule”)的作法明顯不同,以致欲做經濟效應評估並不容易。
其次,如果玩真的(但會讓台灣產業產生巨大調整並可能惡化內部所得分配,所以不容易),ECFA對台灣的經濟衝擊應在後續談判。由於ECFA必須繼續談判,最後朝「實質多數」(WTO用語則為絕大部分”substantially all the trade”)的貨品貿易與「眾多部門」的服務貿易都自由化的方向邁進,所以合理推測真正的經濟產業與就業衝擊,將發生在日後的談判回合後。一般而言,到時候台灣的弱勢產業、內需產業、中小企業,以及特定產業的中下游將最容易受到ECFA衝擊,並在農產品不動的情況下,台灣開放的壓力主要集中在工業產品,尤其是零關稅的產品如果落在原先禁止中國產品進口的1378項中,則影響將比已經開放的7201項較大。 台灣對中國的經貿往來單方面設限,截至目前台灣仍禁止高達2200餘項的中國農工產品進口、絕大部分的服務貿易,以及陸續開放或部分鬆綁的投資設限等。上述台灣禁止中國農工產品進口的比率,約佔台灣進口項目的20%。
總之,也因為ECFA上述優惠特質,不僅已超過台灣內部頗具共識的「經貿正常化」階段,且如果ECFA 之後台灣仍然無法跟重要經貿夥伴簽署FTA,突破被區域主義(尤其是東亞)邊緣化的困境,更將導致台灣經貿lock-in在中國市場。強調台灣主體性的人認為,如此一來將讓中國「以經促統」的對台最高戰略取得優勢(leverage)、戰術上獲得攻堅工具(as a wedge)。