隨著中華人民共和國積極擴張海權，與鄰國領海主權衝突復起，作為西太平洋海上屏障的我國，自然海疆不靖，而因我國對東海與南海的主權主張與包括對岸在內的鄰國乃有所重疊，面對中華人民共和國與鄰國之爭執，究竟該採取何種立場，則深堪玩味。
        在東海方面，宜蘭縣頭城鎮所屬之釣魚臺列嶼，自美國結束託管琉球而一併移交其行政權予日本之後，四十年來皆處於日本實際管轄之下。由於釣魚臺居於中國人民解放軍海軍艦艇穿出東海進入西太平洋的門戶，戰略地位重要，為日本與美國列入〈日美安全保障條約〉第五條的共同防衛範圍，日美兩國的佈署，毋可諱言，也為我國守住北方海疆，而可防範中國人民解放軍由釣魚臺海域出東海，如猛虎出閘，對我國東部防衛產生威脅。由於中華人民共和國持續挑戰日本對釣魚臺的海上防衛，激起日本右翼民族意識，東京都知事石原慎太郎乃號召市民捐款東京都政府以向釣魚臺地主古賀家族購地，日本內閣總理大臣野田佳彥亦不甘示弱，宣布擬將釣魚臺收歸國有，並表示不惜調動自衛隊進行防衛。日本此舉自然又引起中華人民共和國另一波的民族主義情緒反彈。七月，我國行政院海岸巡防署船艦護送中華保釣協會人員前往釣魚臺宣示主權，結果中華保釣協會竟持中華人民共和國五星旗，製造出臺灣屬於中華人民共和國的印象，簡直自取其辱，一時致令輿論為之譁然，震動朝野。
       釣魚臺為臺灣漁民傳統漁場，我國對釣魚臺的主權係繼承自清朝，大清帝國政府雖接受日本併吞琉球的事實，卻不承認釣魚臺屬於琉球，〈馬關條約〉割讓臺灣，釣魚臺亦未在條約所附臺灣地圖之內，因而主權仍為中國所有。第二次世界大戰日本戰敗，聲明接受〈波茨坦宣言〉（Potsdam Declaration）之安排，放棄日本內地四島以外領土主權，更無對釣魚臺提出主張之立場，況且我國撤出浙江省舟山群島大陳島之時，曾在釣魚島短暫駐軍，而有管治之事實，美國雖移交琉球主權予日本，則亦從未承認日本擁有釣魚臺之主權。故而日本的主權聲稱，主要來自於其行政管理的事實。至於中華人民共和國的主權聲稱，則自是基於其自認為是中華民國的繼承國家、為臺灣主權的擁有者，實際上釣魚臺不曾屬於福建漁民漁場，也未為中華人民共和國所控制過。從歷史淵源和經濟利用關係而論，臺灣與釣魚臺的關係自然較之中華人民共和國為密切。因此，臺灣面對中華人民共和國與日本關於釣魚臺問題的爭端，不能存在與中華人民共和國聯手對抗日本與美國的想法，此將無異於引狼入室，同時自我取消了作為爭議當事國的地位。而本文也要指出的是，日本霸佔釣魚臺，又不以我國為爭議當事國展開談判，只會變相鼓勵中華人民共和國以臺灣宗主國的地位介入釣魚臺之爭。
         另一個海上戰雲，則升騰自我國南疆的南海諸島。先是菲律賓覬奪進窺中沙群島之黃岩島，與中華人民共和國爆發海上衝突，再則是中華人民共和國新近設立海南省三沙市，設治於西沙群島宣德群島之永興島鎮，統一管轄其所屬南海諸島，並設立了三沙警備區，納入解放軍防衛區域。此舉則引起越南的抗議。
         我國係將南海諸島劃歸高雄市管轄。日本統治臺灣期間，於一九三九年全面佔領南海諸島，即將南島諸島劃屬高雄州。二戰後日本放棄南海諸島，我國則於一九四六年九月至十二月間派遣海軍陸續接收東沙、西沙與南沙，並於一九四七年核定全境各島、礁、灘名稱。永興島即因永興艦之接收而得名，永興艦長即我國前國防部副部長、行政院與總統府祕書長、亞東關係協會駐日本代表馬紀壯。無論從領土繼承或無主地先占之原理，皆可作為中華民國擁有南海諸島主權之依據。一九五零年，我國西沙駐軍向中華人民共和國投降，中華人民共和國乃因而據有宣德群島，並進而在一九七四年攻佔南越據有之永樂群島，而全面取得西沙。
         我國則因戰略考慮，於一九五零年五月裁撤南沙群島管理處，自南沙撤軍，一九五六年三月菲律賓人湯瑪斯‧克魯瑪（Thomas Cloma）組織探險隊侵入南沙，我國乃派遣黎玉璽率威遠部隊收復，並設立南沙守備區恢復駐軍，惟南沙仍陸續為菲律賓、越南、中華人民共和國所蠶食，目前我國實際管轄者僅為太平島。
         與釣魚臺主權問題類似，中華人民共和國係以中華民國之繼承國家地位而主張擁有南海諸島主權，越南與菲律賓則就其佔領之島礁主張無主地先占，一九八二年〈聯合國海洋法公約〉（United Nations Convention on the Law of the Sea）通過，越、菲之外，再有馬來西亞、汶萊、印度尼西亞等國對南海諸島與其鄰近之地區提出論據而主張主權，南海問題乃益形複雜。
         平心而論，以歷史主權論來對南海諸島提出主張，並不盡然合理，此因中華文明遠較鄰近地區進化，航海技術超前，因此直到殖民國家來到東亞之前，南海主要為中國人縱橫之海域，但如以此為中國主權主張之基礎，而無視於二十世紀各殖民地獨立建國後各周邊國家發展空間與民族生存之需要，對於這些海洋國家人民則並不公平。更者，南海為東北亞各國對印度洋與大西洋各國海上貿易的生命線，保持航道的暢通，則攸關東亞地區的和平與穩定。中華人民共和國正在發展遠洋海上戰力，可預見將是除美國之外，南海最強大的國家，如果南海成為中華人民共和國的內海，將會使東亞各國極度的不安，其中，臺灣的不安全感恐怕還更大於所有國家。一九九二年七月，中華人民共和國外交部長錢其琛在第二十五屆東南亞國家聯盟外交部長會議中提出「擱置爭議、共同開發」的主張，作為處理南海問題的原則，自是一項明智的政治舉措，我國於一九九三年亦提出〈南海政策綱領〉，對南海的開發管理和國際合作表示歡迎，而更提醒應重視維護生態環境。二零零二年十一月，中華人民共和國外交部副部長王毅與東盟各國外長共同簽署〈南海各方行為宣言〉（Declaration of the Conduct of Parties in the South China Sea），聲明將以制定「南海行為準則」為其目標，以促進該地區的和平與穩定。我國雖未受邀，但陳水扁總統仍於二零零八年二月在太平島宣布接受該宣言，並籲請各國應優先在南海劃設海洋生態保育區。任何有關南海的國際會議，臺灣都被排斥在外，這皆來自於中華人民共和國的抵制，從臺灣國家生存的需要來看，如果臺灣在南海衝突中基於中華民族主義而支持中華人民共和國，則無異將增強中華人民共和國的海上實力，讓太平島成為解放軍的囊中物而形同自掘墳墓。當然，如果中華人民共和國願意尊重臺灣管領太平島的事實，甚至以身作則，「擱置主權爭議」，讓臺灣參與南海相關會議，則兩岸在南海事務上將有許多合作的空間，否則我國也只能基於國家利益和區域安全責任，強化南沙防務，並力求維持南海航道的自由通行。
          中華民國是一個海權國家，依賴國際貿易和能源供應維持國家的發展，因此南海航道為臺灣重要的生命線，臺灣北方與琉球間的釣魚臺海域，則更為臺灣北岸與東岸防衛的戰略重地，如果中華人民共和國始終為中華民國主權的最大威脅，則基於立國價值上的相近性、國家實力的平衡，防止中華人民共和國海權伸展到臥榻之側，似乎已別無選擇。

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