菲律賓的回應並沒有符合馬總統對菲律賓政府最後通牒的四項要求，但是林永樂部長在記者會上卻處處為菲律賓代表緩頰，不斷強調菲律賓代表的正面回應，並表示目前不會採取對菲律賓制裁的作法。

林永樂部長的說法在六個小時後便被馬英九總統推翻，以平息台灣民怒。然而，在談判過程，馬總統充分掌握談判進程與結果，卻沒有在第一時間拒絕菲律賓代表的回覆，捍衛台灣政府的最後通牒底線，嚴重傷害台灣的國家尊嚴與利益。

檢討這次台菲交涉失敗的原因有四：沒有迅速展現台灣的實力、沒有對菲律賓提出明確而可以做到的要求、沒有讓菲律賓感受到嚴重利害關係、沒有充分展現台灣的決心。

首先，馬總統在事發兩天之後才提出最後通牒，要求菲律賓政府在72小時內答應台灣的四項要求，這是非常嚴重的要求，如果菲律賓沒有做到，台灣便要進行後續制裁。但是，要讓菲律賓政府感到壓力，台灣便要展現實力。然而，台灣卻沒有在第一時間展現實力，直到第二天在民意批評政府軟弱時才派遣海巡與軍艦護漁。

第二，台灣對菲律賓政府提出的四項要求雖然明確，但是未必能夠做到。道歉、賠償、懲兇都需要經過適當的菲律賓行政與司法調查才能確認責任，甚至需要經過雙方組成跨國事實調查委員會調查才能定案。台灣政府要求菲律賓政府在三天內完成調查可能有困難。至於漁業協定談判，此事件爭議未解決前，台菲恐怕無法實質展開談判。

第三，最後通牒必須充分傳遞菲律賓政府不遵守台灣四項要求的利害關係。馬政府提出三項制裁：台灣停止菲勞申請、撤回台灣的代表、驅逐菲律賓的代表。然而，停止菲勞申請對台灣經濟的傷害不一定小於菲律賓，未必對菲律賓有制裁的效果；撤回雙方代表更是形式上的意義，不會對菲律賓造成實質的傷害，反而讓後續的台菲溝通失去管道。

第四，台灣必須展現充分的決心，讓菲律賓了解時間不在菲律賓一方，現在狀態便對菲律賓會造成損害，未來沒有回應更會對菲律賓造成更大的損害。然而，我們沒有看到菲律賓在當前狀態有任何損害，反而是台灣政府處處受到民意批判，壓力在台灣一方。其次，外交部長竟然親自與菲律賓代表談判，而且一談便是五個小時，超過最後通牒的時限，這不僅是上駟對下駟進行談判，而且充分表示台灣的最後通牒是兒戲，最後通牒底線與時限是可以協商的。

隨後，台灣對菲律賓採取二波共計十一項制裁措施，卻又像暴衝一般，既沒有在最後通牒時向菲律賓警告，也沒有評估對台灣人民與企業造成的傷害。同時，在台灣已經啟動對菲律賓的制裁後，台灣政府竟然還在5月16日派出十七位高階檢調人員浩浩蕩蕩到菲律賓調查。這項調查遭菲律賓政府的報復抵制，全數調查人員無功而返，導致台灣的國家尊嚴再次受害。

凍結菲勞來台、停止經貿、農業技術交流、科技合作等，對菲律賓的傷害沒那麼大，且我方也有同樣的損失。以目前跡象來看，菲律賓似乎沒有要對台灣讓步的跡象。 若將經濟制裁層次升高，可能會對台灣廠商造成很大衝擊，會傷及更多無辜的台灣與菲律賓人民。馬政府實在有必要重新檢討處理台菲事件的目標與策略。

目前台菲糾紛的癥結點在於整個事件的事實，這本來就應該在第一時間由雙方政府共同釐清，卻沒有受到馬政府應有的重視。道歉、懲兇、賠償都需要事實為基礎，而且需要雙方都認同的調查結果，才可能息紛止爭。菲國若不願與台灣組成跨國事實調查委員會，整件事情無法獲得釐清，雙方只能繼續喊話，整個事件便無法落幕。

因此，台灣不宜以「道歉、懲兇與賠償」作為第一階段的目標，而是以雙方共同組成客觀公正的跨國事實調查委員會為目標，以便釐清整個槍殺台灣漁民案件的事實。在共同接受的事實基礎上，台灣再進行後續的「道歉、懲兇與賠償」要求，才能獲得菲國政府、人民與國際社會的支持。

其次，台灣應該集中力量在經濟海域的控制。有鑑於我國漁船在我國經濟海域上受到菲律賓公務船的侵害，因此台灣政府應該派遣海巡艦隊在我國經濟海域強力護漁，禁止菲律賓漁船進入，並且由我國海軍在附近海域戒護與支援。此項行為應該持續到台菲兩國釐清廣大興事件事實及獲得後續合理解決為止，才能有效施壓菲律賓政府。

唯有回到漁權紛爭的本質，台灣才能逼迫菲律賓答應組成跨國事實調查委員會及合作處理後續事宜。唯有以共同認知的廣大興事件事實為基礎，雙方才能合理化解衝突。最後，唯有合理解決紛爭與維持善意互動，雙方才有機會進一步啟動協商與達成漁業協定，解決長期的漁權紛擾。